実際、このようなケースはよく見かけられます。
会社にはバスや電車などの交通機関を利用しての通勤手当を申請しながら徒歩やバイクで通勤している。
会社への申請と異なる通勤手段での通勤災害でも「合理的な方法」にあたるか？
労災保険の「合理的な方法」の判断基準は、一般的な社会常識をもって判断します。
ですから、会社が認知している通勤方法以外でも「合理的な方法」であれば通勤災害として認められることになります。
この手のご質問の多くは不正に受給した通勤手当の問題にあるようです。
不正を会社に知られずに「通勤災害」請求できれば・・･････と思われる方もおられますが、給付請求では会社による証明が必要です。
不正受給分の返還と虚偽申請によるペナルティーは覚悟して下さい。
また、通勤手当は所得税法上、非課税給与として処理されていますので事後処理が面倒です。
会社がどのような処理をするかわかりませんが、不正受給分を返金しないで済んだとしても
通勤手当を遡及して課税給与として計算しますので前年以前の所得税に影響します。
もし、遡って全額返金となれば総支給額が変わるため社会保険料に影響し月々の所得税が変わってしまい年末調整のやり直しという面倒な事態になります。
できるだけ早期に正しい通勤手当を受給するように改めることをお勧めします。